Namun, Megawati Soekarnoputri kalah dari Susilo Bambang Yudhoyono (SBY).
Belum menyerah, pada 2009, Megawati Soekarnoputri kembali mencalonkan diri sebagai presiden bersama Prabowo Subianto.
Namun, dia kembali kalah dari SBY yang akhirnya melanjutkan masa pemerintahan pada 2009-2014.***